C'est l'histoire d'une rencontre inattendue entre Mario et les Lapins Crétins. Le Royaume Champignon a été saccagé par un mystérieux vortex qui a transporté les Lapins Crétins dans ce monde autrefois si tranquille. Pour remettre de l'ordre dans le Royaume Champignon, Mario, Luigi, la Princesse Peach et Yoshi vont devoir s'associer avec quatre Lapins Crétins, des héros aux personnalités trempées et uniques !